Huyện nằm ở khu vực trung tâm của tỉnh An Giang, có vị trí địa lý:

• Phía Bắc giáp thành phố Châu Đốc, đường ranh giới dài 14.570 km
• Phía Đông giáp sông Hậu ngăn cách với huyện Phú Tân
• Phía Nam giáp huyện Châu Thành, đường ranh giới dài 29.176 km
• Phía Tây giáp huyện Tịnh Biên, chiều dài ranh giới là 20.151 km.

Huyện giáp với con sông Hậu. Dọc theo sông Hậu có những kinh rạch dẫn nước vào đồng như: rạch Thầy Phó, rạch Hóa Cù, kinh xáng Cây Dương (Bình Mỹ ), rạch Phù Dật, rạch Voi (Cái Dầu ), kinh xáng Vịnh Tre (Vĩnh Thạnh Trung ), kinh Cần Thảo, kinh Đào (Mỹ Đức )... Trước năm 1968, huyện Châu Phú rất rộng lớn[1], con sông Hậu hầu như chảy gọn qua giữa lòng của huyện Châu Phú bởi vì có 4 xã của huyện Phú Tân hiện giờ tiếp giáp với sông Hậu thuộc Châu Phú ngày xưa là: Hòa Lạc, Hưng Nhơn, Hiệp Xương, Bình Thạnh Đông[2].Huyện Châu Phú có diện tích 425,7 km²[3], nằm cách thành phố Long Xuyên 35 km về phía Bắc và cách thành phố Châu Đốc 20 km về phía Nam.